Gemma Arterton, Carey Mulligan, Olivia Wilde, Anne Hathaway, Abbie Cornish i Natalie Portman były brane pod uwagę do zagrania roli Elizabeth Shaw.
Twórcy filmu rozważali obsadzenie Jamesa Franco w roli Hollowaya.
Angelina Jolie i Michelle Yeoh były brane pod uwagę do odegrania roli Meredith Vickers. Ostatecznie angaż otrzymała Charlize Theron.
Noomi Rapace, mimo iż biegle włada językiem angielskim, dodatkowo ćwiczyła brytyjski akcent w czasie produkcji z zatrudnionym specjalnie w tym celu nauczycielem.
Początkowo Charlize Theron miała wystąpić w roli Elizabeth Shaw, jednak zmuszona była zrezygnować z uwagi na kolidujące zobowiązania zawodowe. W późniejszym terminie była już dostępna, ale w roli Shaw obsadzono w międzyczasie Noomi Rapace. Theron przypadła więc rola Meredith Vickers.
Ridley Scott początkowo chciał, aby Petera Weylanda zagrał Max von Sydow.
Gdy Shaw opuszcza kapsułę ratunkową, nie ma założonych rękawic. Jednak w następnym ujęciu ma je już na rękach.
Sposób trzymania przez Shaw siekiery w jednej ze scen zmienia się między ujęciami.
Podczas pierwszego badania planety przez bohaterów szybki w ich hełmach ochronnych są na przemian zaparowane i czyste między ujęciami.
Gdy Holloway wchodzi na pokład badanego statku, używa latarki o jednym strumieniu światła. W następnych ujęciach liczba strumieni zmienia się między jednym a trzema.
Podczas burzy na badanej planecie Shaw jest w stanie utrzymać się na jej powierzchni, mimo iż wiatr jest tak mocny, że bez problemu porywa łazik terenowy.
Gdy Vickers rozmawia z Weylandem, trzyma ręce na zmianę przed i za sobą w poszczególnych ujęciach.
W jednej scenie David farbuje swoje włosy. Pomiędzy ujęciami jego włosy są raz pofarbowane, a raz nie.
Kiedy Shaw wchodzi do kapsuły Vickers, która chwilę przedtem rozbiła się o ziemię, butelka wódki stoi nienaruszona w barku.
Kiedy Millburn przedstawia się Fifieldowi, ma południowy akcent. Przez resztę filmu mówi już bez akcentu.
Kiedy główni bohaterowie badają korytarze we wnętrzu góry, w jednym z ujęć widać białe składane krzesło należące do ekipy filmowej.
Kiedy Shaw dokonuje cesarskiego cięcia, przecina ona pępowinę, a następnie nie wyjmuje łożyska z jamy brzusznej. W rzeczywistości taka sytuacja mogłaby skończyć się śmiercią kobiety, na skutek krwotoku wewnętrznego.
Zdjęcia do filmu kręcono w Toronto (Kanada), Iver Heath (Anglia, Wielka Brytania), Alicante (Hiszpania), dolinie Wadi Rum (Jordania), okolicach wodospadu Dettifoss i wulkanu Hekla (Islandia), Inverness, Fort William, na terenach pasma górskiego Rannoch Moor oraz na wzgórzu Storr (Szkocja, Wielka Brytania).
Początkowo plany przewidywały kręcenie zdjęć powierzchni odwiedzanej przez bohaterów planety w Maroku. Jednak z uwagi na ówczesne napięcia geopolityczne w północnej Afryce ostatecznie zdecydowano się na Islandię, co w sposób oczywisty wpłynęło na wygląd plenerów przedstawionych w filmie.
Wykorzystane w trakcie realizacji zdjęć największe w Europie studio nagrań filmowych ("Hala 007" w studiach Pinewood w położonej niedaleko Londynu miejscowości Iver Heath), którego powierzchnia wynosiła wówczas ok. 5,5 tys. m2, a długość ok. 114 m, okazało się o połowę za małe na potrzeby m.in. odtworzenia części powierzchni planety, wybudowania ładowni Prometeusza czy 10-metrowej, skalnej głowy widocznej na plakatach promujących film. W czasie produkcji studio zostało wydłużone o ok. 50 m.
Otwierająca film sekwencja "początku czasu" została nakręcona na Islandii w dwa tygodnie.
Początkowo film miał być wyreżyserowany przez Carla Rinscha, a produkcją mieli się zająć Ridley Scott i jego brat Tony Scott. Ostatecznie jednak, pod naciskiem wytwórni 20th Century Fox, Rinsch został odsunięty od projektu na rzecz Ridleya Scotta.
Kręcenie zdjęć do filmu rozpoczęto 21 marca, a skończono we wrześniu 2011 roku.
Nazwy (imiona androidów) układają się w pewną prawidłowość. Poczynając od filmu "Alien" był to Ash (A). W "Aliens" i "Alien³" poznaliśmy androida o imieniu Bishop (B). Z kolei w "Obcy: Przebudzenie" była to Call (C). Natomiast w filmie "Prometeusz" jest to David (D).
W ramach kampanii reklamowej, która w dużej mierze opierała się na marketingu wirusowym ("viral marketing"), Ridley Scott i Damon Lindelof stworzyli trzyminutowy film przedstawiający konferencję Petera Weylanda (Guy Pearce), występującego w "Prometeuszu" właściciela korporacji zajmującej się innowacyjnymi technologiami kosmicznymi. Jego reżyserem został Luke Scott, syn Ridleya Scotta.
Ridley Scott chciał, aby na początkowym etapie kręcenia zdjęć aktorzy spali i mieszkali na planie filmu, a konkretnie na pokładzie tytułowego Prometeusza. Było to jednak niemożliwe z uwagi na przepisy z zakresu bezpieczeństwa i zdrowia pracowników.
Scenariusz filmu był trzymany w ścisłej tajemnicy. Ridley Scott nie tylko wymógł na obsadzie podpisanie klauzul poufności, ale również zezwolił im na zapoznanie się ze scenariuszem pod nadzorem w swoim biurze produkcyjnym. Wyjątek uczyniono dla jednego z aktorów przebywającego zagranicą, jednak musiał on czytać scenariusz pod nadzorem zaufanej osoby reżysera, która dostarczyła dokumenty.
Jon Spaihts napisał pierwszą wersję scenariusza pomyślanego jako prequel do sagi o Obcym. Pierwszą wersję przesłał producentom w Wigilię 2009 roku. Poprawki od Ridleya Scotta i jego współpracowników otrzymał z powrotem w 12 godzin. Damon Lindelof dokonał później koniecznych poprawek scenariusza odrywających fabułę od pierwotnego pomysłu.
W filmie znalazło się jedynie ok. 1300 ujęć generowanych komputerowo (głównie przedstawiających przestrzeń kosmiczną). Mimo wielkiego rozmachu i fantastycznonaukowego charakteru filmu twórcy postanowili ograniczyć użycie CGI do minimum.
Stworzenie piramidalnej budowli, którą badają bohaterowie filmu, trwało 16 tygodni i wymagało pracy około 200 specjalistów.
Pojazdy, którymi załoga "Prometeusza" porusza się po powierzchni badanej planety, zostały stworzone w jedenaście tygodni.
Premiera zwiastuna filmu miała miejsce 17 marca 2012 roku podczas filmowych targów WonderCon w Anaheim (Kalifornia, USA) i była transmitowana na żywo przez największe portale społecznościowe. Umieszczony w Internecie zwiastun przez pierwsze trzy dni zanotował ok. trzy miliony odsłon.
Na prośbę Ridleya Scotta lingwiści z Uniwersytetu Londyńskiego opracowali na potrzeby produkcji oryginalny język i pismo obcej cywilizacji, o której mowa w filmie.
Wszystkie monitory EKG pokazują takie samo bicie serca dla każdego z członków załogi, co jest niemożliwe.
Mechaniczny model układu słonecznego był jednym z najbardziej skomplikowanych efektów specjalnych, który składał się z 80-100 milionów wielokątów. Praca nad nim zajęła kilka tygodni.